長大なトンネル内の安全設備として、列車火災事故などに対処するため、青函トンネル途中(海岸直下から僅かに海底寄り)に
消防用設備や
脱出路を設けた
定点という施設が2箇所設置された。これは
1972年に国鉄
北陸本線の
北陸トンネル内で発生した
列車火災事故を教訓にしたものである。尚、開業初日には3ヶ所の火災検知器が誤作動を起こし、快速海峡などが最大39分遅れるトラブルも発生している。また、開業後はこの定点をトンネル施設の見学ルートとしても利用する事になり、
吉岡海底駅と
竜飛海底駅と命名された。この2つの駅は、見学を行う一部の列車の乗客に限り乗降できる特殊な駅である。トンネルの中間地点には青色と緑色の蛍光灯による目印がある。